药用植物235种，可分为山草类、芳草类、湿草类、毒草类、蔓草类、石草类，占栖霞山植物总数的47.09%。

珍稀植物8属8种。其中野生3属3种，分别是野大豆、短穗竹和明党参；栽培类5属5种，分别是国家二级保护植物银杏、国家一级保护植物水杉、国家二级保护植物杜仲、国家二级保护植物鹅掌楸。

野生动物资源据中国动物地理区划，栖霞区的动物区系属东洋界中印亚界华中区东部丘陵平原亚区。在生态地理动物群方面，属亚热带林灌、草地-农田动物群。牙獐原为长江中下游地区有蹄类的优势种，扬子鳄、白鳍豚、江豚、中华鲟等为特有动物，已少见。

截至2012年，栖霞山蕴藏丰富的铅、锌、银、石灰石等矿藏资源，铅、锌、银等矿已开采多年，其中铅锌金属超过200万吨，是华东地区最大的铅矿床。非金属矿主要有白云石矿、石

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